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L'intolleranza al glutine si avverte con sintomi che si manifestano come dolori addominali, gonfiore al ventre, diarrea, feci chiare e produzione di gas, dolori alle articolazioni ed alle ossa, dimagrimento, anemia, stanchezza cronica, crampi muscolari, irritazioni della cute, danneggiamento dello smalto dei denti, ulcere alla bocca dolorose, insensibilità agli arti, vomito e mancanza d'appetito. Nei bambini possono manifestarsi anche rallentamenti nella crescita e bassa statura da adulti. I sintomi possono variare molto nell'entità, da individuo ad individuo, ed anche nell'età dell'insorgenza.
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L'intolleranza al glutine si diagnostica con un esame del sangue in cui devono essere ricercati gli anticorpi specifici della celiachia e cioè l'antigliadina e gli anticorpi anti-transglutaminasi. In caso di esito positivo degli esami del sangue, si deve procedere con ulteriori esami in grado di diagnosticare in modo certo l'intolleranza al glutine, ovvero la celiachia. Il medico prescriverà in questi casi una endoscopia duodenale con biopsia dell'intestino, in grado di constatare l'atrofia dei villi intestinali e quindi consentire, con certezza quasi assoluta, di diagnosticare la celiachia.
L'unico modo per far regredire i sintomi della celiachia è seguire una dieta priva di cibi che contengono il glutine. Si devono quindi evitare cereali (orzo, avena, segale, grano, farro, kamut ecc.), pane, prodotti da forno, pasta, semola ed in generale tutti i cibi che contengono anche semplici tracce di glutine. La completa esclusione dalla dieta alimentare dei cibi senza glutine è comunque abbastanza difficile da realizzare, poichè si possono trovare tracce di cereali di cui non è consentita l'assunzione ai celiaci, in tantissimi prodotti alimentari, ma questo è l'unico rimedio all'intolleranza al glutine.
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