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I primi accertamenti clinici che il medico prescrive sono normalmente le analisi del sangue e delle feci. Dalle prime si accerta la presenza degli anticorpi EMA, AGA, IgG, IgA e AGA che, se appaiono in livelli superiori alla norma, possono essere già chiarificatori. Con l'analisi delle feci, invece, si valuta la quantità dei grassi presenti al loro interno ed il ph. Un ulteriore test è quello della saliva, o Breath Test: questo consente di scoprire se sussiste un malassorbimento dell'intestino in seguito alla somministrazione di una dose di sorbitolo. Se i risultati delle analisi sopra citate sono positivi allora il medico prescrive ulteriori indagini mediche, in grado di confermare la presenza della malattia celiaca.
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La celiachia diagnosi si accerta con sicurezza solo dall'esame istologico dei villi intestinali. Questo avviene attraverso il prelievo per via endoscopica (quindi con una biopsia durante la gastroscopia) di una piccola quantità di villi, che andranno poi analizzati. I campioni prelevati vengono studiati sulla base della classificazione di Marsh, che individua se i villi sono sani (classe 0) oppure sono danneggiati, ridotti o addirittura assenti (classi I, II e III). La malattia è accertata se si rientra nelle classi II e III. Nel caso di pazienti piccoli questo tipo di indagine è però sconsigliato; in questo caso è sufficiente il dosaggio degli anticorpi presenti nel sangue per diagnosticare se il bambino è celiaco o meno.
A seguito della diagnosi di celiachia il medico prescrive al paziente una dieta priva di glutine. Guarire dalla malattia non è purtroppo possibile, ma seguendo una corretta alimentazione "gluten free" si possono ridurre i sintomi, i rischi di complicazioni future e migliorare la qualità della vita. Pasta, pane e farine a base di glutine dovranno essere sostituiti con i giusti alimenti, ma anche altri prodotti dovranno essere controllati prima dell'assunzione. Esiste infatti il pericolo che alimenti come yogurt, dolci pronti, creme eccetera possano essere stati contaminati dal glutine e quindi sconsigliati nella dieta. Dopo la celiachia diagnosi, il paziente dovrà infine sottoporsi a controlli periodici per valutare lo stato di salute generale.
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